
最后的战况越演越烈,超级英雄们终于展开最后的大战,就当美国队长用EMP装置瘫痪钢铁人,并要赢得战斗时,许多民众、消防员和警察阻止了队长,并给他看到这场战斗所造成的许多破坏,队长认为发起这场战争是错的,于是自首而让钢铁人派获得最终胜利。

事件结束后,钢铁人成了神盾局的指挥官,并开始让美国各州有超级英雄团队,还成立让想当超级英雄的年轻超人类其训练营,诺曼也被指派成控管恶人组成的英雄团队 Thunderbolts(雷霆战队),除了用极端的手段逮捕非注册派英雄外,也开始收集东尼等人见不得光的秘密,希望能弄垮他,让自己掌权。至于部分支持美国队长理念的几位英雄,也组成团队进入地下活动。

美国队长出庭时被射杀身亡,原以为是红骷髅下的手,但没想到是被洗脑的队长女友 Agent 13(十三号干员)袭击,原来红骷髅打算趁没有美国队长这个精神象徵时,进行毁灭美国制度的计画。这时会变身的史克鲁尔种族,开始将秘密入侵计画更进一步,开始替代更多人,包含了地球的恶棍帮派。

东尼希望要有新的美国队长,来稳定社会大众失去史帝夫的心情,他先找上几个神盾局干员,但没有一个人能将盾牌使用的得心应手,之后找来鹰眼担任,可鹰眼遇到继承他称号的年轻复仇者成员凯特,他们说到关于英雄传奇继承的话题,所以也脱下美国队长的服装,改跟著反注册派英雄行动。

之后注册派和反注册派的战斗都没有结束,即便有时会为了保护地球一同合作,甚至东尼有时会基于大家的交情让他们离开,可是双方的嫌隙,已经不是一两次的停战就可以解决。最后酷寒战士巴基勉强决定继承,不是为了东尼,而是为了替史帝夫用美国队长的精神象徵守护著美国,他成了第二代美国队长。

索尔随后也从诸神黄昏归来,慢慢将同袍唤醒,可是他归来的第一步,东尼就自动上门要求索尔注册,但索尔也反问关于自己複製人杀人这件事情,来与东尼兴师问罪。秘密入侵这时公开了,反注册派、注册派、地球的超级恶棍,只要是站在地球这边的,开始联合起来一同对抗史克鲁尔大军。

最后诺曼凭著美国的"第二次机会"精神,加上公开东尼见不得光的事情,甚至又从死侍那边偷取资料,成功消灭史克鲁尔族的女王,成了代替东尼的新超人类问题负责人,然后将东尼弄为世界通缉犯,以及将蜘蛛人所在的新复仇者,因没有注册设定为全美通缉犯,就这样黑暗王朝开始了。

美国队长其实没有死去,他只是被特殊的子弹打中,灵魂流浪在时间流之中,好让红骷髅的意识附著在美国队长身体上,这样他就能用美国的英雄象徵,实行他击垮资本主义和民主主义的社会架构其计画。而诺曼也有支援,因为他希望有个美国队长站在自己这边,这样就能让他在形象上和做法上都能增加公信力。

然而真正的皮姆博士,在美国队长的盟友和其他英雄帮助下,使得真正的美国队长归来,阻止了红骷髅的阴谋。并随后私下聚集索有超级英雄,准备推翻诺曼的黑暗王朝。于是正史世界结束了黑暗王朝时期,开始进入英雄时代时期,总统也废除了超人类注册法,英雄们再度团结,共同迎接更大和更难的挑战。